漁業(yè)資源調(diào)查中eDNA的采樣設(shè)備選擇及PCR分析

一：eDNA采樣硬件選擇  

      在魚(yú)類(lèi)資源調(diào)查中，國(guó)際上普遍認(rèn)可的專(zhuān)業(yè)采樣設(shè)備為美國(guó)Smith公司生產(chǎn)的多通道水體基因采樣器或便攜式eDNA采樣器。

可參閱文獻(xiàn)：

eDNA Sampler: A fully integrated environmental DNAsampling system

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                              多通道水體基因采樣器

                               便攜式eDNA采樣器

設(shè)備優(yōu)勢(shì)

1、可記錄采樣點(diǎn)流速、GPS、溫度等信息

2、內(nèi)置計(jì)算機(jī)，可導(dǎo)出采樣日志、為每個(gè)樣品標(biāo)注采樣編碼

3、采樣飽和后具有震動(dòng)反饋功能，可設(shè)置定量采水

4、具備遠(yuǎn)程藍(lán)牙遙控采水功能

5、可進(jìn)行多通道的同步采樣

6、自封濾膜（技術(shù)）：采用合成樹(shù)脂材料自動(dòng)對(duì)樣本進(jìn)行脫水處理，使DNA信息能在室溫下保存90天不降解（傳統(tǒng)采樣方式需要對(duì)樣品進(jìn)行乙醇加注、冷凍、防腐等措施，費(fèi)時(shí)費(fèi)力，往往會(huì)在采樣點(diǎn)浪費(fèi)大量時(shí)間）

①降低污染——傳統(tǒng)樣品處理方式需要現(xiàn)場(chǎng)對(duì)樣品進(jìn)行防腐處理，會(huì)增加污染可能。

②提高DNA含量——與傳統(tǒng)使用乙醇相比，檢測(cè)到的DNA含量是其2倍。

③提高效率——現(xiàn)場(chǎng)無(wú)需準(zhǔn)備乙醇及緩慢的過(guò)濾工作，無(wú)需準(zhǔn)備冷凍措施低溫保存樣品，即便是沒(méi)有相關(guān)從業(yè)經(jīng)驗(yàn)的人員即可快速上手實(shí)現(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)化的采樣工作。

設(shè)備標(biāo)配自封濾膜套裝self-preserving packs——封裝后即可郵寄至我司合作實(shí)驗(yàn)室分析

二：樣品(q)PCR分析并出具報(bào)告

       樣品分析由上海蔚雨科技有限公司合作實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行分析，用戶(hù)所使用的濾膜必須為廠家提供的自封式濾膜，郵寄至廠商接收點(diǎn)(常溫、無(wú)需使用乙醇等固定液)，2周內(nèi)即可獲取結(jié)題報(bào)告。

自封式濾膜可參閱文獻(xiàn)：

A self‐preserving, partially biodegradable eDNA filter

1、流程

環(huán)境DNA提取——設(shè)計(jì)合成引物接頭——PCR擴(kuò)增產(chǎn)物純化——PCR產(chǎn)物定量均一化——測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建——高通量測(cè)序——生成報(bào)告

2、樣品報(bào)告包括但不限于：